腭咽閉合功能不全的病因是多方面的，較為常見的原因是先天性腭裂畸形。盡管經過手術方法的改進，但由于軟腭長度不足，軟腭肌肉異位及瘢痕形成等原因，仍有相當數量的腭裂患者在腭裂修復術后發生腭咽閉合功能不全。此外，短縮呈蹼狀的咽腭弓可影響軟腭上抬，過于寬大的咽腔會造成軟腭長度相對不足，以及隨年齡逐漸萎縮的腺樣增殖體等原因，均會影響腭咽的正常閉合。
通過鼻咽纖維鏡和X線動態攝影等觀察手段，我們可以將腭咽閉合功能不全的機制分為三類：
1. 咽側壁運動良好，軟腭運動不足。
2. 咽側壁運動不足，軟腭運動良好。
3. 咽側壁及軟腭運動均不足。
手術矯治腭咽閉合功能不全，即是要根據腭咽閉合功能不全發生的不同機制，選擇適宜的術式，人工重建腭咽閉合功能。
對于第一類原因導致的的腭咽閉合功能不全，以往較多使用軟腭后推的術式。由于單純的軟腭后推術后往往形成鼻腔粘膜面瘢痕攣縮，造成軟腭延長受限，故目前已較少單純使用。咽后壁瓣成形術是自50年代后開始得以廣泛應用的術式,被證明療效良好。
咽后壁瓣成形術取得良好療效的關鍵在于瓣體能否起到完善的機械阻塞作用，因此在術中應當注意以下幾個方面：
1. 咽后壁瓣的寬度至少應達到咽后壁寬度的2/3。由于瘢痕化十分明顯，咽后壁瓣常在術后三個月內攣縮，失去對咽腔的阻塞作用，因此有必要在術中有所考慮。
2. 咽后壁瓣蒂的高度應當盡量高，，有人認為應達到咽鼓管口水平，至少應當達到第一環椎水平。
3. 咽后壁瓣在軟腭的縫合位置應在腭帆提肌的前方。
由于咽后壁瓣可造成咽腔機械性的阻塞，因此在施行手術時應當慎重選擇手術適應癥，對于患有下頜骨發育不良或舌體過度肥大等癥的患者應慎行手術。
對于第二類原因導致的的腭咽閉合功能不全，可采用腭咽肌瓣成形術。與咽后壁瓣不同的是，腭咽肌瓣并不破壞咽腔的解剖生理結構，不影響軟腭和咽側壁的運動，術后在咽后壁及咽側壁形成類似括約肌的作用，可以有效地縮小咽腔的橫徑，改善腭咽閉和功能。由于腭咽肌瓣成形術術野狹小，隱蔽，手術具有一定難度。應當注意如下要點：
1. 術中需注意腭咽肌環的形成位置，應在第一環椎水平，否則不能起到改善腭咽閉合的作用。
2. 腭咽肌瓣應有足夠的厚度，以便起到縮小咽腔前后徑的作用。必要時也可將兩側腭咽肌瓣交叉縫合于咽后壁瓣的后緣。
3. 一般情況下不必騷動軟腭，但在軟腭鼻腔側有明顯缺損時，可剖開鼻腔側粘膜，分離肌層后縫合。
對于第三類原因導致的的腭咽閉合功能不全，可采用寬大的咽后壁瓣成形手術，術中形成盡量寬大的咽后壁瓣，僅在兩側保留直徑4-5mm的通氣道，常可達到理想的腭咽閉合。有時采用咽后壁瓣與腭咽肌瓣結合使用的方法，同樣可得到良好的療效。對于沒有條件的病人，則可配戴語音球厴復體。需要指出的是，腭咽閉合不全的治療應當根據其機制特點，有針對性地采用一種手術或多種手術聯合治療，方能取得理想的治療效果。
對于邊緣性的腭咽閉合，可以不經過手術治療，通過語音訓練的手段達到腭咽閉合的狀態。本法的缺點是療程長，常需家長與患兒同語音治療師密切合作，方可起到較好的效果。對于缺乏語音訓練條件的患者，可以行咽后嵴增高手術，同樣可得到良好的腭咽閉合。用于增高咽后嵴的材料可以是人工合成的假體，也可以是咽后壁瓣組織，不論使用什么方法，均應當有足夠的高度，寧多毋少。