皮膚由表皮和真皮組成，皮膚的附屬器有毛發與毛囊、皮脂腺和汗腺，皮膚上的毛發由角化的表皮細胞所構成，毛囊亦起源于表皮，毛發與毛囊中有豐富的黑色素，光子能以黑色素為靶目標而精確擊中，黑色素在吸收了光子后轉化成熱能，對毛囊進行粉碎性破壞，從而達到永久性脫毛的目的。
由于光子的靶目標明確，它只擊中毛囊而不會傷害皮膚的其他附屬組織，所以，不會影響汗腺的排汗功能。專業的醫療機構一般有臨床經驗豐富的醫師操作，對光子能源量的把握有分寸，不會因為 “火候”不到而多次脫毛，也不會因為“火候”過大而燒壞毛囊周圍的組織，這就是專業與非專業醫療機構的脫毛效果不同的最關鍵之處。
人體的毛發有生長期、退性期和休止期，光子脫毛如果作用于長期才有效果。但人體的每根毛發并不是都統一共處一個周期內，所以，即使在光子用量精準的情況下，一般也需要2-3次才能徹底“消滅”黑色素，達到永久性脫毛的目的。
光子脫毛一般需要三至六次，甚至次數更多，主要是兩個因素：第一毛囊大多是三個一組捆在一起，開口于同一毛孔，毛孔中的一根毛發是在它下面一組三個毛囊中的一個毛囊長出的毛發，故一次治療只能破壞一組中的一個毛囊。第二因為毛發生長周期有三個階段：生長期、退行期、休止期，只有處于生長期的毛發才能有效地被去除。所以要達到永久性脫毛必須經過幾次治療，所以，光子脫毛間隔時間比較長。基本上，有效的光子脫毛應在治療后一月內基本沒有毛發生長。