膠原蛋白的副作用包括一定程度的疼痛、皮膚發紅和隆起等，這些是最常見的，而過敏反應、感染、壞死和潰瘍也會發生但是可能性較小。
隨著微整形的深入人心，各種注射填充材料充斥著整形市場，愛美人士都在通過各種途徑尋找對皮膚無傷害又能美容的佳品，于是，膠原蛋白便走進了人們的視野，這是一種被稱之為“骨中之骨，膚中之膚”的美容產品，將其注射到皮膚凹陷組織內，有良好的填充效果。
專家介紹，其實膠原蛋白可以分為三種，牛膠原、豬膠原和人膠原，不同種類的膠原蛋白其過敏的程度也有所不同，一般來說，牛膠原、豬膠原和人膠原的過敏程度是依次遞減的。
此外，膠原蛋白注射后的副作用還與兩個因素有關，其一就是膠原蛋白的注射層次問題，如果其注射層次過淺且術后未及時按摩，將會帶來皮膚表皮腫塊；若過深，則會刺入到組織血管或神經處，出現不定量出血或神經損傷；其二就是膠原蛋白注射本身帶來的副作用，例如，注射過程中會出現一定程度的疼痛、皮膚發紅和隆起等，這些是最常見的，而感染、壞死和潰瘍也會發生但是可能性較小。