但是，目前來看自體移植并非絕對安全，術后早期可能發生疼痛、、瘀青、血腫、感染等并發癥，術后1～3個月內可能發生色素沉著、移植量過多或不足、移植區等情況。更嚴重的可能發生脂肪栓塞引起的突然失明、或偏癱，甚至死亡。下面就簡要介紹下面部自體脂肪移植的各種并發癥。
1、感染、血腫
面部脂肪移植的手術如豐唇、豐頰等均可引起感染。原因可能和手術手法有關，或者手術區域原來就有感染、或者是移植量過大等。感染和血腫將直接影響移植脂肪的成活率，以至達不到期望的手術效果。
2、脂肪填充不足
據相關統計：面部脂肪移植有3%~14%的不滿意率，其中部分原因是在通常的移植次數后充填量仍不能達到患者的要求。移植脂肪吸收過多，移植效果不可預測的問題，一直是自體脂肪移植的難點。
3、脂肪填充過量
脂肪填充過量表現為手術區域的臃腫，可能是對稱的，也可能是單側的；有的從手術后開始，有的出現在術后3～6個月，最常見于豐頰手術。
4、脂肪栓塞
據相關文獻報道，自1980年脂肪移植以來，曾有8例面部脂肪移植術后的脂肪栓塞并發癥。其中1例死亡、4例腦梗伴失明、2例失明、1例腦梗。發生情況雖少卻后果嚴重，是自體脂肪移植最嚴重的并發癥。
5、脂肪移動
手術后脂肪成活前，移植入的脂肪組織有移位的可能。多發生在皮下瘢痕組織過多部位或韌帶分布區（如鼻唇溝部位）。
6、脂肪液化或形成結節
面部脂肪移植術后發生皮下結節的情況偶有報道。
7、手術操作不慎損傷其他組織
由于手術操作問題，可能損傷手術區域的血管、神經等組織的可能。