光子脫毛與激光脫毛二者的脫毛原理一樣，都是利用毛囊中的黑色素吸收光能后轉化成熱能從而破壞毛囊達到脫毛的目的。兩者不同點是激光脫毛利用的是波長不等的激光，而光子脫毛使用的是一種不同于激光的強脈沖光。
至于大家關心的究竟是光子脫毛效果好還是激光脫毛效果好的問題，現在還沒有定論。
從理論上講，強脈沖光增加了毛囊以外組織對光線的吸收，因此也增加了不良反應。確實有很多報道認為光子脫毛的療效不如激光脫毛。但也有醫生通過實踐總結出光子脫毛的效果好于激光脫毛。
一般說來，較粗而較黑的毛發（如腋毛和男性的胡須、體毛等）激光治療的效果好；而對較細的（如部分女性的細唇毛）和淺色的毛發較差，對于細而淺色的毛發如聯合應用激光和強脈沖光可提高療效。