1、色素沉著
蜜蠟、除毛膏、除毛慕絲等化學性除毛，可能對皮膚造成刺激及敏感反應，對除毛膏過敏者不可嘗試藥物除毛。最好在手肘內側先予以涂抹，進行過敏測試，證實若無紅、腫、癢等反應，再用于其它部位。
剃刀、除毛刀等物理性除毛，若使用不當可能割傷皮膚，造成色素沉淀或疤痕。不論使用何種方式除毛，都會造成皮膚輕微的損傷，除毛后都必須滋潤保濕，并注意防曬，否則皮膚受傷后很容易產生色素沉淀。
2、毛囊發炎、角化粗糙
用拔毛方式除毛，不僅疼痛也容易造成毛囊發炎，拔除后一定要擦乳液鎮定滋潤皮膚，膚質脆弱的人也可以事先涂抹抗生素藥膏，避免發炎感染。
用刮除方式除毛，往往造成表皮刮傷，久而久之會使皮膚角化粗糙。所以刮毛前要先清潔潤滑皮膚，除毛后可以適度的滋潤及去角質。刮刀一定要經常更換，維持清潔鋒利。
3、內嵌毛
這是自行除毛最危險的并發癥，常常是因為拔毛斷裂、或逆向刮毛，毛發埋沒在皮膚內部，無法正常長出。少部分是因為除毛導致表皮或毛囊受傷，皮膚愈合時毛孔阻塞，造成毛發包埋。
內嵌毛的外觀像一顆顆的雞皮疙瘩，毛發埋沒的結果，會造成不定時的發炎反應、產生色素疤痕。通常需要用手術方式將埋沒毛挑出來才能解決。正確的除毛方法，加上除毛部位定期按摩、去角質，可以幫助毛發長出皮膚，防止毛發內嵌。