激光脫毛是通過破壞毛囊起到去毛的作用，而毛囊生長分為生長期、休止期及退行期。處在生長期毛囊內的黑色素最多，對激光發出的光吸收最強，就成了激光脫毛機的最佳作用目標。黑色素越多越明顯，擊中率越高，對毛囊的破壞性越大。
激光對退行期毛囊作用不大，對休止期毛囊更是不起作用。 激光脫毛不可能一次完成，激光脫毛后部分毛發還是可能再生，但新生的毛發會變得比較纖細且不明顯，效果因人而異，有的6個月后就長出毛發，但也有的人一直到2年后再生。
因為任何時間都有一些毛囊處在休止期及退行期，所以為達到毀壞毛囊的效果，需要進行多次治療。四肢毛的去除需要3至4次的時間，間隔1至2個月。治療男性上唇部胡須的部分患者有的需要7至8次的治療。 激光脫毛并不是十全十美的，因為它最適合膚色淺、毛發深的人，治療范圍鎖定在“深色色素”，如果膚色深，激光就會一并破壞皮膚色素而造成白班或黑斑，之后往往需要幾個月的時間才能逐漸復原。