對良性、非贅生性、囊腫的直徑大小在5厘米以內，又無任何癥狀的卵巢囊腫，不必作特殊處理，大部分可被機體吸收，自然消失。如果囊腫的大小超過5厘米，定期觀察時有發展趨勢，或囊腫發展快、增大明顯，則應入院手術治療。手術為卵巢囊腫切除術，輸卵管卵巢切除術，附件及全子宮切除。
手術治療
良性卵巢囊腫的手術治療：
①卵巢囊腫切除術 此種患者多無月經障礙，甚至有合并妊娠者，有的一側腫瘤較顯著，則可行患側輸卵管卵巢切除術。
②輸卵管卵巢切除術 一側卵巢囊腫發生于年齡較大（45歲以上）患者，雙側卵巢囊腫多行一側或雙側輸卵巢切除術，患者周身情況不能勝任或炎癥嚴重者常行全子宮切除術，值得注意的是關于較大卵巢囊腫的手術處理，應不計切口大小，以完整切除為宜，以免破患者脈搏內容物溢入腹腔或切口，術中要注意患者脈搏呼吸，血壓的變動，必要時加速輸液或輸血，輸氧，更要預防早期發現急性胃擴張，麻痹性腸梗阻以及由此而引起的水，電解質平衡失調與血液化學改變。
③附件及全子宮切除 發生于近絕經期或絕經期婦女的一側或雙側卵巢囊腫，患者全身情況不能勝任，均以行雙側附件及全子宮切除為宜，但會嚴重影響內分泌失調。