色素痣根據痣細胞在皮膚的位置不同可將之分為交界痣、皮內痣及混合痣三種。
交界痣其痣細胞和痣細胞巢主要在皮膚表皮底層與真皮層之間，其特點是平坦或稍高出皮面，邊界欠清、表面光滑、無毛、色澤不一、呈淡黃、瓦青或黑色，身體任何部位均可見，青年人與兒童多見。
皮內痣即痣細胞及痣細胞巢均聚集在真皮層內，常呈扁平狀或高出皮呈疣狀、色深呈棕褐或漆黑色，且均勻多長有毛。是成年人常見的色素痣，邊界清楚、不易發生惡性變。
混合痣中痣細胞與痣細胞巢居表皮深層亦居真皮內者稱混合痣。常見痣中央隆突出皮面，長毛，四周呈彌漫分布、色澤不一、界線不清，為交界痣成份，交界痣自幼年期而向皮內痣轉變，故年長者少見混合痣。混合痣與交界痣均有發生惡性變的可能。