色素痣由色素細胞構成的先天良性腫瘤，大多均屬良性。
色素痣是由含有色素的痣細胞所構成的，關于痣細胞的來源，尚有不同見解，或認為源于表皮的黑色素細胞，或認為源于胚胎期間神經嵴的前體細胞，也有人認為痣細胞有雙重來源，即位于表皮和真皮上部的痣細胞來源于表皮黑素細胞，而位于真皮下部的痣細胞則來源于神經施萬細胞，上述細胞向表皮移行過程中，由于某種因素異常，而造成黑素細胞異常分布。
色素痣細胞形狀多樣，在表皮層和真皮淺層形似表皮細胞；在真皮中下部則像組織細胞，纖維細胞，淋巴細胞或施萬細胞，在皮膚內痣細胞呈巢狀排列，缺乏樹枝狀突，酪氨酸酶活性較低。在超微結構上缺乏橋粒或細胞間聯結，具有與黑素細胞相似的線粒體，高爾基復合體，黑素體等。