近視眼手術在一定程度上解決了高度近視的戴鏡問題，也滿足了從事特殊職業的人工作的需要，受到了近視眼病人的歡迎。但是，手術無論多么的簡單、安全，也絕非萬無一失，況且，近視眼手術還不是一個十分成熟的手術，許多方面還需要提高和改進。那么，近視激光手術有哪些副作用？
干眼癥
干眼癥是所有角膜的手術，所有內眼的手術都可能發生的并發癥，不光是近視眼，包括青光眼，所有眼的手術都可以引起干眼的問題，干眼主要是角膜的微環境改變引起的病變，這是一系列引起的，但是如果一般手術做的好，有嚴重的干眼癥也是比較少的。
矯正不足
手術后仍殘留近視，或是超過預期的矯正度數變成遠視，是最常見的副作用，視情況可于度數穩定后再次雷射矯正。
畏光
在手術后3至6個月內，對光線的敏感度增加，但多會在6個月后逐漸消失，極少病例會持續下去。
眩光或復視
手術初期較常見，尤其夜間瞳孔變大較會產生，大部分會慢慢消失，只有少部分會持續下去。
角膜瓣切割不良
角膜瓣切割不良，如切割不完全或切割不平整；只要將角膜瓣復位即可恢復，三個月后可再次手術。
恢復時間長
一般度數越高的人需要恢復的時間越長，年齡越大的人恢復時間也要越長，正常人三到六個月就會恢復的比較好，一年以后就會進入最佳的結果，但是有些歲數比較大的、度數比較大的人可能一年以后也不能恢復的很理想，可以經過二次手術進行調整。