雖然牙齒矯正可以改善人們牙齒排列不齊的問題，但是如果醫生的操作不規范，或者患者沒有做好牙齒矯正后的護理，就會產生牙齒矯正的危害，在臨床上，牙齒矯正不當帶來的危害主要有以下幾方面：
1、對牙髓的影響：在治療初期，牙髓內產生輕度的、暫時性的炎癥反應，表現為患者在加力的頭幾天內有疼痛或不適感。
2、對牙根的影響：牙齒矯正時，牙根表面也發生著吸收、增生這種重建活動。治療后，牙根憑著自身修復能力而恢復正常，但如果治療中加力過大，會增加牙根吸收的危險性。
3、對牙槽骨高度的影響：做過正畸治療的人，牙槽骨高度都會有少量的降低，這是由于戴矯治器使口腔衛生不易保持，增加患牙齦炎的機會，對牙槽骨有一定的影響，在治療完成后，牙槽骨不會再繼續發生吸收，如果口腔衛生保持好，牙槽骨會逐漸恢復正常。
4、牙齒變松動：在正常情況下，每個牙都有一定的生理動度以便能緩沖咀嚼壓力，防止牙齒受創傷。牙齒要移動，需要牙槽骨和牙周膜的重建，因為牙齒是靠牙周膜固定在牙槽骨里，這樣牙齒就會變松動。但牙齒矯正到正常位置停止移動后，牙齒能夠能通過自身的修復能力便牙周膜重新附著而變穩固，不會發生永久性損傷。如果臨床上發現牙齒松動度太大，應暫停加力，讓其恢復段時間后再繼續加力。