目前，生殖器部位濕疹的發病原因尚不十分確定，但是臨床發現生殖器濕疹患者多屬過敏性體質，對各種刺激的耐受性較低，容易發生過敏。我們知道，濕疹是由復雜的內外激發因子激發出的皮膚遲發性變態反應，往往是數種因素并存，而在長期患上濕疹之后，一些并非原始的致病因素，或可能是一些不相關的因素，也可以誘發或惡化濕疹，外生殖器濕疹就屬于這種情況。
常見的引起外生殖器濕疹的因素有：
（1）局部因素：包括外生殖器汗液浸漬、污垢刺激、內褲摩擦、搽藥過敏、白帶、衛生紙或衛生巾的刺激、糖尿病患者的尿糖刺激等。
（2）全身性因素：包括某些刺激性食物、藥物、體內病灶、腸寄生蟲、消化不良、胃腸道功能障礙、代謝障礙、內分泌機能失調、情緒緊張、焦慮、失眠、精神創傷等，均可誘發或加重外生殖器濕疹的病情。
另外，需要注意的是，男性外生殖器濕疹一般包括陰囊濕疹和龜頭濕疹，龜頭濕疹可因各種病原體感染、局部刺激等因素引起。不少男性發現自己龜頭出現紅斑，瘙癢難忍，還以為自己得了什么性病，嚇個半死，其實這些紅斑很可能是龜頭濕疹。