嬰兒濕疹的病因較復雜，其發病與多種內外因素有關，有時很難明確具體的病因。患兒往往由消化道攝入食物性變應原如魚、蝦、牛羊肉、雞蛋等致敏因素，使體內發生Ⅰ型變態反應。嬰兒濕疹的高度發病率主要是由于患兒皮膚角質層薄，毛細血管網豐富，以及內皮含水及氯化物較多，因而容易發生變態反應。此外，機械性摩擦如唾液和溢奶經常刺激，也是本病的誘因。護理不當如過多使用較強的堿性肥皂，過高營養，以及腸內異常發酵等也可引起本病。
1、直接病因：引起寶寶濕疹病因是復雜的，其中過敏因素是最主要的，所以有過敏體質家族史（如父親、母親、祖父、祖母、外祖父、外祖母、兄弟姐妹等家庭成員有過濕疹、過敏性鼻炎、過敏性皮炎、過敏性結膜炎、哮喘、食物過敏和藥物過敏等）的寶寶就容易發生濕疹。
2、誘發因素：發生了濕疹的寶寶，許多物質又會誘發或加重濕疹癥狀，如食物中蛋白質，尤其是魚、蝦、蛋類及牛乳，接觸化學物品（護膚品、洗浴用品、清潔劑等）、毛制品、化纖物品、植物（各種植物花粉）、動物皮革及羽毛、發生感染（病毒感染、細菌感染等）、日光照射、環境溫度高或穿著太暖、寒冷 等，都可以刺激寶寶的濕疹反復發生或加重。有一種特殊類型的小兒濕疹，好發生在孩子的肛門周圍，常伴有蟯蟲感染，稱為蟯蟲濕疹。
3、嬰兒濕疹的內因：嬰兒容易發生濕疹還有本身的因素，是因為嬰兒的皮膚角質層比較薄，毛細血管網豐富而且內皮含水及氯化物比較多，對各種刺激因素較敏感，所以又叫嬰兒濕疹。