黑色素瘤復發和轉移率均較高，預后差。影響預后的因素包括：
1、與腫瘤浸潤深度有關 根據世界衛生組織對一組惡性黑色素隨訪的結果，預后與腫瘤厚度有密切關系。腫瘤≤0.75mm 者，5 年生存率為89%，≥4mm者僅25%。
2、淋巴結轉移情況 無淋巴結轉移者5 年生存率為77%，而有淋巴結轉移者僅31%。生存率還與淋巴結轉移的多少有關。
3、病灶部位 惡性黑色素瘤的發生部位與預后有關。發生于軀干者預后最差，5 年生存率為41%；位于頭部者次之，5 年生存率為53%；四肢者則較好，下肢者5 年生存率為57%，上肢者60%；發生于黏膜的黑色素瘤預后則更差。
4、年齡與性別 一般認為女性病人明顯好于男性，年齡輕者比年老者為好。
5、手術方式 即腫瘤厚度與切除范圍有關，厚度≤0.75mm，切除范圍距腫瘤邊緣2～3cm;>4mm 者距離腫瘤邊緣5cm 范圍的廣泛切除。不符合規格的區域淋巴結清除術，常會促進腫瘤向全身播散，影響預后。