對絕大多數單純眼皮跳的人來說，最多見的原因是用眼過度或勞累、精神過度緊張，比如用電腦時間過長、在強光或弱光下用眼太久、考試前精神壓力過大等。此外，眼睛屈光不正、近視、遠視或散光，眼內異物、倒睫、結膜炎、角膜炎等也可導致眼皮跳。
人的眼皮內有兩種肌肉，一種叫眼輪匝肌，形狀像車輪，環繞著眼睛，當它收縮時，眼皮就會閉合，這種眼輪匝肌受面部神經的支配。而另一種眼皮肌肉叫提上瞼肌，當它收縮時，眼皮就會睜開，這種肌肉受動眼神經的支配。在眼皮的這兩種肌肉組織中，眼輪匝肌對保護眼球有很重要的作用，它能通過不斷的閉合對角膜進行潤滑和清洗，并對任何外來刺激作出保護性反應。
引發眼皮跳的疾病，很多引起病理性眼皮跳的原因眾多。常見的包括：倒睫、結膜炎、角膜炎、眼外傷、腦炎、腦血管疾病等；不太常見的包括：貝爾麻痹（單純性周圍面神經麻痹）、肌肉張力障礙、痙攣性斜頸、多發性抽動癥等， 甚至有部分患者是與遺傳因素有關。
另外，一些腦部腫瘤或動脈硬化都有可能對面部神經帶來刺激，引起眼部及面部的激烈反應。所以，從某種意義上說，眼皮跳也是人體健康或心理狀況的報警器，特別是長期的眼皮跳一定要警惕腦內是否有病變。
大多數人只是局限于上眼皮或下眼皮的跳動，但有的人會逐漸發展為上下眼皮的不停抽動。支配眼皮肌肉的面部神經在傳導通路上的任何部位受到刺激，均可導致眼皮的跳動，神經受到刺激的部位不同，眼皮跳動的部位、跳動的范圍及程度也不同。
如果刺激因素僅局限于支配眼輪匝肌的神經末梢，也就是眼皮附近，那么所表現出來的癥狀就是單純的上眼皮或下眼皮跳。如果受刺激部位在腦腔內的面部神經主干部位，那么跳動范圍會累及整個上下眼皮，最直觀的表現就是不由自主地不停眨眼，醫學上稱之為“眼瞼痙攣”。
如果眼皮跳一直持續，沒有一絲消停的意思，那就可要當心了。這種類型的眼皮跳，大多是病理性的，可能是額面、頭顱內或全身性疾病的一種臨床癥狀，屬于眾多軀體癥狀的一種。如果發生眼皮跳卻不能自行緩解，甚至持續加重引起同側面部震顫或抽動時，便應及時就診，向醫生告知相應情況以便進一步診治。