據臺灣《康健》雜志報道，咖啡因一直被認為是引起骨質疏松癥的危險因子之一。曾有報告指出，咖啡因會增加尿液中鈣質排出。不過從流行病學資料來看，發現20～50歲的年輕女性適量攝取咖啡因（大約每天攝取咖啡因400毫克以內）和骨質流失及骨折并無相關。
但是50歲以上、停經后的女性則需要更小心飲用咖啡，半數以上研究顯示，咖啡因攝取量和50歲以上女性的骨質密度有關系。
女性一天喝多少杯咖啡才容易造成骨質疏松癥？由比較近期的一個3170人參與，平均年齡50～84歲女性的研究指出，如果每天飲用超過兩單位的咖啡因飲料（一單位等于一杯咖啡或兩杯茶），臀部骨折的危險性增加69％。
因此建議50歲以上女性最好減少咖啡因攝取，若真想喝咖啡，一天不宜超過2杯。
有人喝了咖啡覺得胃腸不舒服，主要是受咖啡因影響。這是因為咖啡因刺激了食道下端的括約肌，使它比較松弛，進而引起胃食道逆流，或者咖啡因引起大量胃酸分泌，造成不適。因此，患消化道疾病的人，例如胃潰瘍、十二指腸潰瘍，或是每次喝咖啡就大量冒出胃酸的人，還是避開咖啡吧。