口服避孕藥使用方便，但也存在一些副作用，經常服用者容易導致骨質疏松。其原因是，口服避孕藥的主要成分是人工合成的雌孕激素復合制劑，無論是短效的還是長效的口服避孕藥，長期服用都會影響鈣質代謝吸收，增加患骨質疏松的風險。
美國保健合作研究機構研究人員經過數據對比和分析發現，服用口服避孕藥的女性平均頸椎骨密度比不服用的女性低5.9%，其全身平均骨密度比不服用的女性低2.3%，其髖部的骨密度數據也偏低。
但是，研究人員認為，口服避孕藥對育齡婦女有諸多好處，她們并不需要因此而“因噎廢食”停服避孕藥。尤其是服用短效避孕藥，能使月經規律，減低宮外孕和卵巢癌發生。為預防或減輕骨質疏松，女性可以通過食物或藥物來補鈣。