1.發型設計：自體毛發移植手術首先設計整體發型線及移植部位的發型。測量儀在后枕部測量頭發的密度，根據每平方厘米頭發的數量，算出所提取毛囊組織的面積。再就是自體毛發移植手術毛囊的提取，清潔頭皮后，醫師在后枕部進行局部麻醉注射，提取移植的毛囊。
2.自體毛發移植手術分離毛囊：這一部份自體毛發移植手術最關鍵也最辛苦，目前仍然以人工方式處理，皮辧取下以后，必須分離出一株株的毛囊單位。分離時間愈短毛囊移植后的存活率愈高，也需要精細的技巧， 避免在分離時傷害到毛囊。
3.將毛囊植入頭皮：這又是自體毛發移植手術很傷眼力的工作，醫師必須先在前額禿發區作顯微切口，再將毛發一株一株植入。目前還是以人工植入的存活率最高，密度最好，這需要相當的技術，種壞了就無法補救。
4.自體毛發移植手術后護理：自體毛發移植手術后可以馬上回家，無需包扎，自體毛發移植手術24小時后就可用涼開水沖洗頭發，第4天就可以正常洗頭，第10天后拆除后枕部的縫線。
自體毛發移植手術后種入的頭發暫時進入休止期，等待2～3月后會開始長出新頭發，自體毛發移植手術植入的頭發有正常的生理特性，會永久生長、不受到男性荷爾蒙代謝的影響。
成功的自體毛發移植手術，毛囊的存活率可高于95%，因為對于雄性禿患者來說，每一根頭發都很寶貴，禁不起隨便耗損。